1904年に、アフリカ南西部のナミビアの地面にヘテロ族の数体の死体が横たわった。ヘレロ族の反乱軍は、彼らの地域を通る建設中のオタヴィ鉄道を攻撃した。その後に、ドイツ軍によってヘレロ族の鉄道建設労働者が大量虐殺された。
ドイツ帝国のカイザー・ヴィルヘルム2世は、1884年11月15日のベルリン会議のアフリカ分割協定で植民地の分配支配国となった。その数年前に、アドルフ・リューデルディッツのドイツ人のタバコ商人が1881年にナイジェリアの町ラゴスに到着した。その後にナミビア沿岸のアングラ・ペケーナ町にて、その領土の一部を略奪した。フォン・ビスマルクが1884年8月7日にナミビアをドイツ保護国に宣言した。
アフリカ南西部のナミビアにてヘレロ族の族長サミュエル・マハレロは、1896年に反乱を蜂起した。その後に1904年1月11日にヘレロの反乱で、ドイツ軍と入植者に攻撃を仕掛けた。その結果、123人のドイツ人の入植者が殺害された。ドイツ軍に、残酷極まりないローター・フォン・トロサ将軍が任命された。ドイツ占領した国境で発見されたヘレロ族は、ライフルの有無、家畜の有無にかかわらず、子供や女性も射殺すると宣言した。危機に瀕した南部のナマ族も反乱に加わった。約14,000人のドイツ軍が、ヘレロ族とナマ族の反乱を大量虐殺で鎮圧した。ヘレロ族とナマ族は、銃殺され、木に吊るされ、砂漠で飢えと渇きで定量虐殺された。リューデリッツ湾のシャーク島に設置した強制収容所には反乱者の約12,000人が収容された。ナミビアのヘレロ族の人口の約80%が一掃された。ヘレロの反乱の後、約6万人のヘレロ人と1万人のナマ人が絶滅して、ナミビアの土地から追放された。第一次世界大戦に敗れたドイツは、1919年にヴェルサイユ条約に調印して、すべての植民地を失った。
ナミビアの大虐殺は、帝国ドイツ軍が1904年から1908年にかけて、ナミビアの先住民族であるヘレロ族とナマ族を残虐に弾圧した20世紀の最初の大量虐殺であった。2004年に、ドイツ政府はナミビアの大虐殺を公式に謝罪して、2019年にはドイツ議会がジェノサイドと表現した。2021年5月には、ナミビア被害者の損害を修復する協定が結ばれた。