太平洋戦争における南方ジャワ戦線にて、1942年3月2日にオランダ軍の戦車が、日本軍からの対戦車砲の砲撃を受けて横転した。戦車に搭乗していたオランダ軍兵士は、吹き飛ばされた。逃げる暇もなく転覆した戦車の下敷きとなり殺害された。ハッチを上げて上半身を乗り出したままで殺害された。
太平洋戦争が1941年12月8日に日本軍の真珠湾攻撃から勃発した。その直後から大東亜戦争が東南アジアで勃発した。インドネシアでは、蘭印作戦(Dutch East Indies campaign)により、1942年1月11日から3月9日まで日本軍が侵攻した。
オランダ亡命政府は、1941年12月8日に日本に宣戦布告した。日本軍が占領する前に、インドネシアでは敵対する集団間で紛争があり、人々が殺されたり、行方不明となった。1942年初頭の日本軍の侵攻は迅速に圧倒した。1941年12月17日に、日本軍はボルネオ島のサラワク州北部ミリに上陸した。1942年1月までに、スラウェシ島とカリマンタンの一部は日本軍の支配下になった。2月19日には、ポルトガル領ティモールのディリ地域に上陸した。2月28日から3月1日に、日本軍はジャワ島北部沿岸にほぼ無傷で上陸した。最も激しい戦闘はアンボン、ティモール、カリマンタン、ジャワ海の侵攻地点で勃発した。3月9日にオランダ軍司令官は日本軍に降伏した。連合軍は、約671人が戦死して、約82,618人が捕虜となった。日本軍は、約840人が戦死して、約1,784人が戦傷した。
1939年9月1日にヨーロッパで第二次世界大戦が勃発した。1940年5月15日にはドイツの侵攻をうけて宗主国オランダは降伏して、王室などはイギリスへ逃亡し亡命政府を創設した。以後、第二次世界大戦終結の直前までオランダ本国はドイツの占領下におかれた。オランダ本国が降伏した後も、オランダ領東インドはオランダ亡命政府傘下であり続け、在東インド植民地軍による統治が続いた。オランダ領東インドに日本軍が侵攻して、東インド植民地軍は全面降伏して、オランダ人の一部はオーストラリアなどの近隣の連合国に逃亡した。以後、東インド全域は日本の軍政下に置かれた。オランダによる約350年の東インド支配が実質的に途絶えた。1945年8月15日に日本が連合国に降伏した直後に、8月17日にスカルノとハッタが民族の名にてインドネシアの独立を宣言した。その直後から、インドネシア独立戦争が1949年12月27日まで勃発して、インドネシア連邦共和国が成立した。
