クロアチアの東の端でヴコヴァルの戦いの終末期に、1991年11月20日から11月21日にヴコヴァルの虐殺が勃発した。ユーゴスラビア人民軍とセルビア人民兵によりヴコヴァルのクロアチア人が大量虐殺された。約264人の男性と1人の女性が虐殺されて、そのうち約194人だけが特定された。約200体の死体がヴコヴァルの家屋に並べられて、そのほとんどがクロアチア人市民であった。ユーゴスラビア人民軍が、ヴコヴァルの包囲中に、何百人ものクロアチア人市民が救護を求めてヴコヴァルの病院に避難した。1991年11月18日にヴコヴァルが陥落した後に、ユーゴスラビア人民軍とセルビア準軍事組織によって、少なくとも約400人の非セルビア人が連れ出された。約250人以上が南東のオヴチャラ農場に強制連行されて、激しい暴行と虐待を受けた。その後、捕虜は約10人から20人のグループに分けられて銃殺で処刑されて、近くの共同墓地に埋葬された。集団墓地は1992年10月に発見され、国連保護軍によって保守された。1996年に旧ユーゴスラビア国際刑事裁判所（ICTY）の捜査官によって200体の遺体が発掘された。
ヴコヴァルの戦いは、重装甲と大砲を装備した36,000人ものJNA兵士とセルビア人民兵に対し、約1,800人の軽装のクロアチア国民衛兵（ZNG）と民間志願兵によって防御された。戦闘中、砲弾とロケットが1日最大12,000発の割合で町に発射されて、ヴコヴァルは崩壊した。1991年11月18日にヴコヴァルが陥落した時に、数百人の兵士と民間人がセルビア軍によって虐殺されて、少なくとも約2万人の住民が追放された。ヴコヴァルの大部分は非セルビア人から民族的に浄化されて、未承認のセルビア・クラジナ共和国の一部となった。ヴコヴァルの戦いの犠牲者は、約3,6000人のユーゴスラビア軍は約1,103人が戦死、 約2,500人が戦傷して、ヴコヴァル側は、クロアチア人の約879人戦死、約770人が戦傷した。ユーゴスラビア人民軍は犠牲で疲弊して、クロアチア独立戦争の転機となり、数週間後には停戦が宣言された。
1995年にクロアチアのセルビア人反乱軍が支配する地域の中で、唯一クロアチア軍の占領を免れた地域となった。ヴコヴァルは1998年にエルデュット協定が締結されてクロアチアに再統合された。その後、再建されたものの、人口は戦前の半分以下で、多くの建物には戦いの傷跡が残存した。2つの主要な民族コミュニティは依然として深く対立しており、かつての繁栄を取り戻すことはできていない。
