日本軍兵士が南京で揚子江に停泊していた日本戦挺から、大量虐殺を目撃した。多数の難民は揚子江から避難する船が行方不明となり、川岸で虐殺されて遺棄あるいは放流された。南京虐殺の犠牲者の死体が、秦淮河の岸に散乱した。荷物を受け取りに揚子江岸の下関へ行くと、広い河岸にいっぱいに中国人の死体が埋まった。岸辺の泥に埋まって幅は約10mくらいの死体が山積みされた。大部分が平服の民間人で、女性や子供も混じっていた。死体に油で焼いて、黒焦げになった死体を工兵隊が沖へ運んで流す作業をした(日本軍第十七中隊兵士)。日本軍は南京で捕獲した中国軍兵士も集めて、揚子江に強制連行した。縛られて、機関銃で銃殺され、逃げる手段はなかった。
1937年12月13日から、日本軍は南京の中国人民に対して、史上最大の戦時残虐行為の1つを犯した。邪魔な中国人を虐待と虐殺しながら、女性を強姦、子供を拷問し、何千人もの中国人を虐殺した。1937年8月に日本軍が南京に向かったとき、中国軍に対して流血と死傷者の多い戦闘をした。双方は、しばしば激化した消耗戦を戦っていたので、武器は街路での接近戦を支持して撤退させた。11月に日本軍が上海を占領し、12月1日に中華民国の首都である南京を占領するように命じられた。
南京虐殺は12月13日から6週間にわたって執行された。大虐殺は日本軍が中国の首都に到着するずっと前から起こっていた。南京へ侵攻中に、日本軍上司から命じられて、兵士が遭遇した中国人に残虐行為を執行した。当時の日本軍記者は、南京に急速に侵攻したのは、警官や兵士が暗黙のうちに略奪して強姦できる暗黙の了解によるものだ」と述べた。中国軍は南京から撤退し、大混乱を引き起こした。中国軍が南京に留まっていたなら、大虐殺は深刻化しなく、大量死はあっても、大虐殺が阻止されたか、少なくとも緩和された可能性がある。12月12日に日本軍が南京に向かって侵攻したため、中国軍は撤退を命られて、民間人は取り残された。次の日の12月13日に、日本軍が南京に到着したとき、すぐに都市を占領した。南京の中国人市民に埋めるための腰まで穴を掘らせ、中国人市民を射殺、斬首、絞首刑にした。男性、女性、子供たちは、日本軍の手による残忍な虐待と虐殺に直面した。約6週間にわたる虐殺の犠牲者数は不明である。日本軍は、北方から侵攻したので当時の南京は、難民も含めて約25万人から人口は膨大していた。
1937年12月に1つの目撃証言が、ニューヨーク・タイムズに簡潔に掲載された。第二次世界大戦の終結までの日本の軍事記録と目撃証言は1937年の南京虐殺の主要な情報源となった。虐殺の時に、東京日日新聞は、2人の兵士が日本刀を使って最初に100人を殺す競争をしたと報じた。1967年以来、この報告は学者らによって論争されて、その話は国家の闘争精神を高めるために作り上げられたと語っている。「大虐殺」の称号をすでに獲得して少々過剰であるも、日本軍の他での虐殺を考えると、完全には否定は難しい。日本軍は南京の中国人市民を恐怖に陥れ、生き残った誰もが何も残さないことを確実にするために、都市の企業や家を略奪した。街を巡ると、100から200ヤードごとに死体に出くわす。逃亡した中国人市民の死体には、背中に銃弾の穴があった。日本軍兵士は10人から20人の集団で街中を掃討して、商店を略奪した。
南京への攻撃を命令してから1週間以内に、松井岩根将軍は大規模な過ちを、6週間にわたる首都の包囲の5日目の12月18日に、無意識のうちに南京に最も悲惨な影響を及ぼして、中国軍が降伏しない限り、陸軍は悲劇を続けた。極東国際軍事法廷は、1948年11月12日、松井に部下が戦争法を遵守を保証する義務を意図的かつ無謀に無視したと死刑を宣告した。日本軍隊を制御し、不幸な南京の市民を保護する義務を果たさない戦争犯罪の刑事責任を負わせた。日本軍将校の28人が起訴され、25人が有罪、7人が死刑、16人は終身刑、2人が懲役された。近年でも、日本政府の一部のメンバーは、虐殺を否定している。自国の戦争時の行動に不利な真実に対する不幸な反応は擁護するが、虐殺を完全に否定した。虐殺の証拠は十分あるにもかかわらず、安倍晋三首相は2007年に南京虐殺を否定した。中国人に対する日本軍の扱いが正当と主張する日本軍の元上級将校は、中国の民間市民人に対する日本軍兵士の攻撃は絶対になかったと確信していると述べている。
