アメリカ軍が、1903年4月頃にフィリピン南部のモロ反乱に対して一斉射撃をした。一斉射撃しているアメリカ軍兵士が見守り微笑んでいた。戦闘後には多数のモロ族の死体が土豪に散乱した。モロ族の住民らに、散乱したモロ族の死体を横並びに集散させて土中に埋葬させた。アメリカ軍によるモロ族の虐殺は、1906年に約900人のモロ人を、伝統的なモロ人の集会場所であったブドダジョ火山の火口に閉じ込めて殺害した。1913年にジョン・パーシング軍事総督が、同様にバドバッグサック火山の火口に避難した約500人以上ものモロ人を虐殺した。モロ反乱において、約25,000人のアメリカ軍は約130人が殺害され約250人が負傷したのに対して、約15,000人ものモロ人が殺害された。
モロ反乱が、フィリピンとアメリカの戦争の終結後した1899年から1913年まで発生した。モロ族は、フィリピンの南部のミンダナオ島、ホロ島、スル島等に住むイスラム教徒である。スペインの統治からアメリカへ統治の移行を監視するために、モロ族とアメリカ軍兵士との間の散発的な戦闘を伴った。モロ族は、いったんフィリピンがスペインから解放されると、自治になると考えた。1899年にアメリカがフィリピンを占領したことに抵抗して、スル族のスルタンを中心に、ミンダナオ島やスル族の群島での戦闘をした。
1902年7月4日に、アメリカはフィリピンとアメリカの戦争で勝利を宣言した。平和条約はアメリカ軍との戦闘を継続していた南部のモロ民族には適用されなかった。その後に、アメリカはモロ族の領土の支配を拡大して、約1年弱後にアメリカはモロ州を創設して、直後にレナード・ウッドを州の軍事総督に任命した。1903年から1909年までウッドはイスラム教徒のフィリピン人を鎮めることはできなかったが、奴隷制度の廃止を義務付けて、比較的平和裏に軍事総督を務めた。ジョン・パーシングは、1909年から1913年まで最後の軍事総督を務めて、軍隊をモロ族地域に広範囲に派遣して、20世紀初頭のモロ反乱を終わらせた。モロ県でフィリピン人の軍縮をもたらした。フランクカーペンターは1913年に最初の文民知事になった。フィリピン人は自治することができず、アメリカの占領から利益を得れるため、フィリピンを保護国として維持した。フィリピンは1946年7月4日になってアメリカの保護国でなくなった。
