日本軍が、1937年12月13日に南京を占領した後から約3週間にわたり、日本軍は南京安全区に入り、難民に紛れた元中国兵を探した。多くの罪のない男性が誤認されて、殺害された。南京を侵略した日本軍車両のトラックが南京の路上を通過した。その道路脇には、虐殺されて倒れた南京市民の死体が散乱していた。日本軍の従軍記者が撮影した南京市内にて、戦争犯罪を立証する虐殺の一部が撮影されていた。南京大虐殺では、数千人の日本兵が南京の街に押し寄せ、規律を失った兵士たちが暴れまわり、街を焼き払い、殺し、略奪した。千年の都、南京は生き地獄と化した。
李錬三郎は、南京が陥落した1937年12月13日から6から7週間は、銃創の症例が南京大学の病院に入り続けたと証言した。B.キャンベルは、南京大虐殺は、日本軍は戦闘に確実に勝利したが、南京戦の余波で住民が大量に虐殺され、ジェノサイドであると述べた。ジャン＝ルイ・マルゴランは、捕虜だけが組織的に処刑されて、民間人を標的にすることは散発的であり、個々の虐殺行為は命令なしに行われたために、南京の虐殺はジェノサイドとみなさないと述べた。
ジョン・ラーベは1937年12月13日に日記に次のように記述した。南京市街を見て回るまでは、破壊の程度を知らなかった。約100メートルから200メートルごとに死体に遭遇した。民間人の死体には、背中に弾痕があった。逃げ惑って後ろから撃たれた。日本軍は約10人から20人の兵士集団で南京市内を行軍して、商店を略奪した。ドイツ人のパン屋、キースリングのカフェも略奪していた。ヘンペルのホテルにも押し入り、中商と太平路の全店にも押し入った。
1938年2月10日に、ドイツ大使館のローゼン公使は次のように報告した。ジョン・マギー牧師が1937年12月に南京虐殺の記録映画を撮影して、その購入を勧める手紙をドイツ外務省に送った。日本軍が南京を恐怖のどん底に陥れ、アメリカ聖公会伝道部のジョン・マギー牧師は、日本軍が行った南京虐殺の記録映画を撮影した。12月13日に、約30人の日本軍兵士が南京の南東部にある興梠区5番地の中国人宅にて、ドアを開けた夫を即座に銃殺した。なぜ夫を殺したのかと日本軍兵士に尋ねた夫人も銃殺した。
2009年2月5日に、日本の最高裁判所は、東中野修道と出版社の天電社に対し、マギー監督の映画に登場する約7から8歳の少女と名乗る夏淑琴夫人に対して、約400万円の損害賠償を支払うように命じた。東中野修造は著書『南京大虐殺徹底検証』の中で、彼女と少女は別人であり、南京大虐殺の目撃者ではないと主張していたが、最高裁でこれを証明できなかった。海軍の三谷翔は、陸軍は『逃げる中国人は皆殺し』という意味のラッパ音を使った。長さ約300m、幅約5mの一万屍溝と呼ばれる掘割で、数千人が連行されて集団処刑された。この溝に埋められた犠牲者の数は、記録が残っていないが、約4,000人から約20,000人までと推定された。
