1963年11月1日に南ベトナム軍のクーデターにより、ゴ・ディン・ジェム(Ngo Dinh Diem)政権を転覆した。翌日の11月2日に宮殿から地下通路でチョロンに逃げた、大統領と彼の弟のゴディン・ヌーは、南ベトナム軍兵士のグループによって捕らえられた。南ベトナム軍の合同軍本部に護送中に、両手を縛られた上で頭部を銃撃されて一緒に暗殺された。ジェムの死体は、アメリカ大使の家の隣の墓地にあるマークのない墓に埋葬された。1955年10月26日に、ディエムは初代大統領としてベトナム共和国の独立を宣言した。
ジェムの暗殺は、南ベトナムの多くの人々に祝賀を引き起こすも、南ベトナムの政治的混乱にも繋がった。アメリカは、南ベトナム政府を安定させ、強力な脅威になる共産主義の北ベトナム政府を打破すめために、ベトナムにより深く関与するようになった。ケネディ大統領は1961年5月11日に、南ベトナム軍の訓練を名目にして、約4,00人の特殊部隊と約100人の軍事顧問を派遣した。1863年10月当時までに、アメリカ軍は約16,000人が駐屯していた。元ダグラス・マッカーサー将軍はケネディ大統領に、ベトナムの陸戦でアメリカ軍が行き詰まることを警告した。
アメリカは、ジェムを暗殺したクーデターの計画に関与をを公に否認した。後に、アメリカ中央情報局(CIA)当局がクーデターを組織した南ベトナム軍のズオン・バン・ミン司令官に実行を支援して、約42,000ドルの支給が明らかになった。ジェムがますます独裁的に、南ベトナムの人々を支配した。ディエム政権は、仏教徒に対して、激しい闘争を繰り広げた。1963年8月20日にヌーの治安部隊は、サイゴンのサーロイ寺を襲撃した。仏像の前に足を組んで座っていた約400人以上の僧侶を逮捕して、他の何千人もの仏教徒が全国で逮捕された。1963年の夏に仏教の僧侶による抗議の焼身自殺が勃発した。ジェムらの残忍な弾圧が、アメリカ当局に政権を転覆する時期が来たと確信した。
そのわずか3週間後の11月22日にテキサス州ダラスで、暗殺者がケネディ大統領を撃って射殺した。その時までに、アメリカははこれまで以上に南ベトナムの泥沼に深く関わった。ジェム政権の転覆への支援は、南ベトナムの戦争での管理に焦りの高まりを示した。アメリカは共産主義の反政府勢力との戦争に、直接的にかつ深く関与するように段階的に参戦した。リンド・B・ジョンソン大統領は、ベトナム政策を遂行するために最終的にアメリカ軍を約500,000人派遣した。
ジェムの暗殺後、南ベトナムは安定した政府を樹立できず、いくつかのクーデターが起こった。グエン・バンチューは軍事クーデターで、ベトナム戦争が激烈であった時期に、1965年6月5日から1975年4月21日まで政権を獲得した。1975年4月17日にニクソン大統領から軍事支援を拒絶されて、大統領を辞任して、4月30日に南ベトナムの首都サイゴンは陥落した。
