The Jewish massacre in Kowno was found from the pocket of the German army officer who was captured by the Russian army.
ナチス・ドイツ国防軍兵士は、残虐行為の証拠写真を記念に持ち帰っていた。1941年の冬に捕らわれたドイツ軍歩兵の胸ポケットから、コヴノのユダヤ人虐殺の惨状を示す下記の写真があった。ナチス・ドイツ軍は、暴力に快感を感じているようだ。避難民を、銃の乱射で皆殺し、パルチザンを拷問にかけた。ガソリンをかけた薪の上で犠牲者を焼いて、酒を飲んで談笑した。1941年12月13日に捕虜の赤軍を、有刺鉄線で囲んだ四階建てのビルに押し込めた。ドイツ軍は深夜に、建物に火をつけて、窓から飛び降りる赤軍を撃った。約70人の赤軍が射殺されて、その他多数は焼け死んだ。その他に、ロープで首を吊られた2人のロシア人をドイツ兵が眺める写真も所持していた。
ナチス・ドイツとソ連は1939年8月に独ソ不可侵条約の秘密協定を結んだ。独ソは、ポーランドを共に侵略して分割占領して、バルト諸国はソ連に割譲を取り決めた。ソ連は1940年6月にリトアニアに赤軍を侵攻させてコヴノなど全土を占領した。1941年6月に独ソ戦が開始されると、リトアニアやコヴノからソ連軍はは撤退してドイツ軍が占領した。
コヴノには全人口の約4分の1を占める約4万人のユダヤ人が暮らした。リトアニアでは反ソ連と反ユダヤ主義が蔓延した。リトアニア人は報復的な殺人行為をドイツ軍に協調して、ドイツ軍の占領から約1カ月間でコヴノで約1万人のユダヤ人が虐殺された。ドイツ軍はユダヤ人の強制隔離地区であるゲットーを創設した。コヴノのユダヤ人住民全員をゲットーに移住させた。ナチス・ドイツは、収容所に送るまでの間、ゲットーにユダヤ人を隔離した。狭い場所に大勢の人間が詰め込まれ、毎日のように収容所への移送した。食糧は不足し、人々は餓死して、不衛生で伝染病が流行した。道端に死体が転がっていた。ゲットーと外部は3m59cmのレンガの壁が遮断して、とても乗り越えれない。ユダヤ人は壁の向こうに願い望み焦がれて叫び憎み呪った。
1941年8月にはゲットーが封鎖されて、約3万人のユダヤ人が隔離された。数カ月でゲットーの約3,000人が虐殺された。1941年10月28日に約9,000人が郊外の要塞に連行され殺害された。コヴノは約18,000人のゲットーとなった。1943年秋に親衛隊が直接のゲットーを支配して、コヴノ・ゲットーは強制収容所に転換された。1943年10月に基幹収容所の約2,700人の囚人を移送した。健常者はエストニアの労働収容所へ、労働不可者、老人、子供などはアウシュヴィッツ=ビルケナウ強制収容所へと移送した。ソ連軍の接近に伴い、1944年7月8日に親衛隊はコヴノ強制収容所の撤収をした。残った囚人たちはダッハウ強制収容所やシュトゥットホーフ強制収容所へと移送された。ソ連軍がコヴノに到着する前に、ゲットーや収容所は徹底的に破壊され、約2,000人ほどのユダヤ人が虐殺された。