長崎原子爆弾が投下されて炸裂した地点である爆心地に近い城山国民学校が直撃されて崩壊して多数の被爆死した。その校庭には、見分けのつかない被爆者の死体から白骨が散乱した。
城山国民学校は、長崎原子爆弾の爆心地から西方にわずか約500mと最も近い国民学校である。建物および人員の損傷率が極度に達した。校舎は本館と旧館の2棟の鉄筋コンクリート3階建であった。本館は土台から西方に傾斜して、各階とも内部が崩壊した。3階の一部は外壁も破壊した。直後から、火災を引き起こして2と3階は全焼した。1階は全勝は免れた。新旧の2棟を繋ぐ接続棟の1階にあった職員室は、最初に出火した。一切の書類や器具を焼失したが、出火は職員室のみにとどまった。旧館校舎の被害は、1階が内部の破壊と2階の一部と3階がほとんど崩壊したが、そこに火災は起こらなかった。
長崎原子爆弾が炸裂時に、学校には、本館1階に教職員29人、その子ども1人、庁務員3人、計33人がいた。このうち生存者は、教職員3人と子ども1人のみであった。死亡者は、校長室の4人、職員室1人、宿直室4人、用務員室2人、校庭17人と、その他に出張中の被爆死亡者である庁務員1人の合計計29人が被爆死した。生存者は、校長室1人、医務室2人、階段室1人で、計4人のみであった。校庭で甘藷畑の草取り、掃除などをした17人の中には、被爆で爆死して判別できぬ白骨が残存していた。
その他に三菱兵器製作所の給与課が疎開し、2と3階を使用していた。出勤者は、長崎経済専門学校、県立長崎高等女学校、市立商業学校、女子商業学校、瓊浦高等女学校の動員学徒44人を含む約120人であった。一部の者は交替で校庭の端にある防空壕の補強作業をしていた。被災の状況は、6教室を使用した3階の66人は全員が被爆死して、5教室を使用した2階の36人のうち31人が被爆死して、5人のみ生存した。防空壕作業中の17人のうち6人が被爆死して、11人が生存ししたが、2名は放射能障害の原爆症を発症した。城山国民学校では総計152人のうち132人が被爆死した。比率でいうと、被爆死による即死が約40%を、後日の被爆死が約60%を占めた。城山国民学校の児童被害は、学籍簿焼失のため在籍総数は推定1,500人で、このうち約1,400人余りが山里国民学校と同じく在宅の家庭で死亡した。(長崎原爆の記録)