日本軍は侵略に対抗する台湾人を残酷に弾圧した。1895年に日本軍は侵略に反乱する台湾人を襲撃しては殺害して土中に積み重ねた。1896年には、日本軍は台湾の台北の南門付近でも反乱する台湾人を掃討した。
1894年7月25日からの日清戦争を終わらせるために、腐敗した清政府は、日本帝国主義の下で1895年4月17日に屈辱的な馬関条約に署名した。馬関条約の締結により、台湾は日本軍に占領された。日本が台湾に侵攻した後、最高統治機関として知事室を設置し、警察制度、司法制度、台湾の武装制度を確立および強化して、台湾人を弾圧した。台湾人の土地を奪って、経済的略奪を断行した。台湾人は、台湾が割譲された時から、日本の侵略と植民地支配に対抗する闘争を始めた。
日本軍が1895年5月29日に台湾に上陸して、日本軍は台北を攻撃し始めた。台湾の有力者らは、日本軍の侵略と戦うため直前に、1895年5月25日に台湾民主国を設立した。台北地域における日本軍の侵略は、台湾人との乙末戦争にて破竹の勢いとなった。台湾人は劣悪な武装を使用して、1895年5月29日から10月21日まで日本軍と約5か月間戦った。日本軍約37,000人で死傷者は約5,321、台湾民主国軍約45,000人で死傷者は約14,000人の犠牲者に及んだ。
台湾における日本軍の植民地支配は、主に軍隊、憲兵隊、警察によって、台湾社会と台湾人を支配して維持した。1897年には、警察法を策定して、山間地域の法律と秩序は軍隊と憲兵隊が担当して、村の法律と秩序は警察が担当して、山間と村の間では警察と警察が共同で担当を定めた。まず、日本から募集された最初の700人の警察官は1896年に台湾に到着した。台湾人の抗日武力抗争は1915年までに収束して、それ以後は抗日社会運動が展開された。
