日本軍により、ゲリラ活動の容疑でフィリピンのマニラ市民が1945年2月に銃殺された。日本軍は、マニラ市内で激闘を継続する中で、非戦闘員である多数のマニラ市民を、抗日の抵抗勢力として虐殺した。1945年2月13日付けの日本軍大隊に、フィリピン人を殺害する時は、弾薬と労力を無駄にしないように、1カ所に集めよと命令した。さらにフィリピン人の死体は、建物の中に集めて焼却する、あるいは河中に投ぜよと命令した。マニラの戦いの初日の2月3日にダイパック貯木場で約115人のフィリピン人の虐殺から、ゲリラの容疑者の虐殺が勃発した。2月9日から、ゲリラ容疑者の個人攻撃から組織的な大量虐殺に移行した。
マニラの大虐殺は、マニラのレイプとも呼ばれ、第二次世界大戦末期に発生したマニラの戦い（1945年2月3日～1945年3月3日）にて、日本軍がフィリピンの首都マニラ市で、フィリピン 市民に対して行った残虐行為である。日本軍だけでなく、アメリカ軍の砲撃や銃撃によって殺害された民間人の総数は、少なくとも10万人と推定された。アメリカ軍の軍事作戦は、戦闘中のフィリピン人非戦闘員の死者総数の約40%を引き起こした可能性がある。
1ヶ月に及ぶマニラの戦いは、約10万人以上の市民の死と街の完全な荒廃をもたらした。太平洋戦争でアメリカ軍が戦った最悪の市街戦の戦場となった。日本軍は戦闘中に、フィリピン市民に対して大量殺人を行い、アメリカ軍の武力は多くの人々を巻き込み殺害した。マニラの戦いにて、アメリカ軍兵士は約1,010人が戦死して、約5,565人が戦傷した。日本軍兵士は、約16,665人が戦死して全滅した。
日本軍兵士は絶え間ないアメリカ軍の砲撃にさらされ、確実な戦死や捕虜に直面した。苦境に立たされた日本軍は、銃撃戦に巻き込まれたフィリピン市民に怒りと苛立ちをぶつけた。マニラ大虐殺となる激しい残虐行為を何度も行った。日本軍は陣地を守るため、フィリピン人の女性や子供を人間の盾として前線に押し出した。生き残ったフィリピン人は、日本軍によって殺害された。日本軍兵士は、壕や溝に手榴弾を打ち込み、ライフル銃の射撃や銃剣の刺突で生存者のフィリピン人を虐殺した。日本軍のマニラ大虐殺は、1937-38年の南京大虐殺に匹敵した。
