ドイツ軍は1941年6月22日にソビエト連邦の侵攻後、1941年夏にソ連のクライゴネフ(Kraigonev)の集団墓地にて、大量のソ連民間人を大量虐殺した。ドイツ軍の移動虐殺隊であるアンザッツグルッペン(Einsatzgruppen)は、集団墓地の脇にひざまずいたソ連民間人を射殺して、死体を集団墓地に投下した。ソ連民間人で、共産党員と疑われた者は、ソ連赤軍将校や男性ユダヤ人とともに処刑に選ばれて処刑された。アンザックルッペンは、主にドイツ親衛隊と警察官で構成された。占領下のソ連におけるドイツ戦線の背後で、人種的政治的な敵の容疑者を殺害した。
主なる殺害方法は大量射殺であった。アンザックルッペンは容疑の犠牲者を一網打尽にした。しばしば夜中に、町や村のはずれまで行進や車で連行した。犠牲者は服を脱がされ、小集団になって掘られた墓穴まで歩かされて銃殺された。容疑の犠牲者をうつ伏せにして、首の後ろにピストルを突き射殺した。ユダヤ人を溝の中に下がらせ、すでに射撃された者の死体の上に横たわらせ、死体の山をどんどん増やしていった。広い河川の近くに住むユダヤ人は、はしけに乗せて陸地から離れて曳航させた後に溺水させた。アインザッツグルッペンは、ユダヤ人に集団墓地を掘らせ、生き埋めにした報告もある。1941年10月に、ルーマニアのドイツ軍対応部隊は、オデッサの約19,000人のユダヤ人を、フェンスで囲まれた広場に集めてガソリンをまいて火をつけて焼死させた。
1941年7月の最終週にはソ連軍の抵抗が強まって、ドイツ軍の進撃は減速し始めた。1941年夏の終わりにアインザッツグルッペンは、手に入る限りのロシア人ユダヤ人を虐殺する大量殺戮作戦を開始した。1941年5月に人種的に劣等なユダヤ人その他を抹殺する激しいイデオロギーに洗脳を受けた約3,000人のアンザッツグルッペン隊員は、4つの主要グループに分散されて、ユダヤ人狩りを開始した。移動虐殺隊は、ドイツ軍が広大な土地を素早く占領したドイツ占領下の最初の約22ヵ月間にポーランドで起こったユダヤ人に対する残虐行為をした。ソ連当局が未公表にした大量虐殺を最大限に利用した。アンザッツグルッペンは町や村のユダヤ人住民の名簿をユダヤ人社会の指導者たちから入手した。組織的抵抗の可能性を減らすために、コミュニティ指導者を最初に殺害もしばしばあった。地元のユダヤ人たちが、ユダヤ人の隣人の捕獲と殺戮に参加するように勧誘した。ドイツ軍は1941年9月19日にウクライナのキエフ市を占領して、約65万人以上の捕虜を押収した。アインザッツグルッペン部隊は、9月29日と30日にバビ・ヤール渓谷で、約3万3000人以上のユダヤ人を大量射殺した。
