米比戦争の初日である1899年2月4日にサンタアナ近くの虐殺されて土中の溝に落下したフィリピン人反乱軍の死体が積み重なり散乱した。1899年から1913年の間に、アメリカ合衆国のフィリピンに対する植民地戦争である米比戦争は、フィリピン人に激しい反抗を引き起こした。抵抗を鎮めるために約126,000人のアメリカ軍兵士が派遣された。アメリカ人が行った苦難、大量殺人、焼け焦げる火炎により、約400,000人のフィリピン人兵士がアメリカ軍の武力で死亡し、約100万人のフィリピン人市民が殺害されて、総計で約140万人にも達してフィリピンのルソン島の約1/6が一掃された。1899年にアメリカは、フィリピン人を教育し、キリスト教化し、文明化するために、フィリピンとの戦争を宣言して、フィリピン虐殺が始まった。1899年から1905年の間にフィリピン人がジェノサイドで殺された。虐殺が突然停止した可能性は低い。多くのアメリカ軍のフィリピン人に対する人種差別主義を示した。多くのアメリカ軍兵士が殺害を楽しむようになった。
フィラデルフィア・レジャーのマニラ特派員は、「アメリカ軍兵士は容赦なく、男性、女性、子供、囚人と捕虜、反乱軍、10代の若者の容疑者を根絶するために虐殺した。」と1901年11月に公表した。アメリカ軍兵士は、「兵士は、平和的に降伏したフィリピン人の囚人を連行して、1時間後に反乱者を示す証拠なしで、弾丸で射殺され橋から落下して水に浮いた死体を見つけた。」「上官は殺害と焼却を命じて、殺害と焼却が多いほど喜んだ。」と証言した。死んだフィリピン人の死体が非常に多く、アメリカ軍は防御壁として使用した。「トム・ソーヤーの冒険」で最も有名な作家マーク・トウェインは、「数千人の島民を埋葬した。畑を破壊して、村を燃やし、未亡人と孤児を戸外に追い出した。残りの1千万人を、慈悲深い同化のために征服した。アメリカ国旗の星条旗を頭蓋骨と十字骨に置き換えるべきだ。」と提案した。強制収容所は密集して病気で一杯となり、約20%もの非常に高い死亡率となった。上官はすぐに町を燃やし、目の前の先住民の殺害を命令された。約1,000人もの男性、女性、子供が殺害された。フィリピン人の目撃者は「これは戦争ではなく、単に虐殺と殺人の屠殺である。」と述べた。
1898年4月25日からフィリピンで勃発したアメリカとスペインの米西戦争が、1898年8月12日に終結した。1898年6月12日にフィリピン人は独立宣言をして、フィリピン人は独立のための闘争をした。その直後の8月14日からフィリピン占領するために、約11,000人のアメリカ軍をフィリピンに派遣した。1898年12月10日のパリ条約により、スペインはフィリピンをアメリカに譲渡した。1901年4月19日に、捕虜となった大統領が第一共和国を終結させて、フィリピンに対するアメリカの主権を認めた。1913年までフィリピンは、さまざまな地域で特にイスラム教徒の南部で、散発的な反乱闘争が続いた。
