1945年5月5日に、アメリカ軍はマウトハウゼン強制収容所に到着して解放した。一部の囚人は弱体化して、解放後の数日から数週間にも約3,000人以上もの囚人が死亡した。アメリカ軍は、殺害されて死亡した囚人の死体をトラックの荷台にうず高く集積した。その死体を集団墓地に移送して集団埋葬した。マウトハウゼン強制収容所と付属グーゼン強制収容所に約7年間で収監された約19万人のうち、少なくとも9万人が殺害されて死亡した。
1938年3月12日、オーストリアのドイツ帝国への併合が実施された。その直後に、2週間後、ドナウ川沿いのオーバーエスターライヒ州のリンツ市近郊のマウトハウゼンに、強制収容所を建設を宣言した。1938年8月8日に、ダッハウ強制収容所から最初の囚人がマウトハウゼンに移送された。1939年12月に、親衛隊はマウトハウゼンの近隣に第二強制収容所であるグーゼン支所収容所が1940年5月に開設された。
第二次世界大戦が始まると、ヨーロッパ中の人々がマウトハウゼンに強制送還された。マウトハウゼンは次第に強制収容所の相互連結された。マウトハウゼンとグーゼンは、最も過酷な監禁条件と高い死亡率を持つ強制収容所であった。収容所の最下層にいる役立たずの囚人たちは、長く生き延びれなかった。1941年、親衛隊はマウトハウゼンに毒ガス施設を建設し、大量虐殺した。
戦争後半には、兵器産業における強制労働者として利用された。囚人たちが働く各場所に支部収容所を設立した。囚人たちは、本部から支部の収容所に移送された。マウトハウゼンは、役立たずの病人や弱者が死に追いやられた。
囚人たちは強制労働者として、1943年末以降、収容者は地下工場の建設にも投入された。工場では、殺人的な労働条件が蔓延して、犠牲者の数が劇的に増加した。第二次世界大戦末期には、マウトハウゼン強制収容所は、戦場の前線に近い収容所からの避難先となった。何万人もの囚人が大型輸送船で到着した。過密状態、食糧不足、病気の蔓延により、解放直前の最後の数ヶ月に、囚人たちは大量殺害された。
