ボスニア紛争にて民族浄化の名目のもとに、敵対する民族が他の民族の虐殺が横行した。ボスニアのNTOから支援されたムスリム人は中東のムジャヘディーン(聖戦)として、1992年にボスニア人の囚人の首を切断して虐殺して、その頭部を右足で押さえつけた。NATO軍はセルビア人を囚人と悪魔化して戦闘行為を正当化した。
ボスニア・ヘルツェゴビナ紛争は、1991年からユーゴスラビアから独立したボスニア・ヘルツェゴビナで1992年から1995年まで内戦が継続した。1992年3月にボスニア・ヘルツェゴビナは独立を宣言した。ユーゴスラビアは約430万人が、約44%がボシュニャク人（ムスリム人）で、33%がセルビア人、17%がクロアチア人と異なる民族が混在した。セルビア人は反対し分離を目指した。ボスニア内戦で、クロアチア内戦と同様に厳しい民族浄化が勃発した。セルビア勢力・クロアチア勢力・ムスリム勢力の3つの民族が、各々に民族浄化で対立した。市町村で、勢力の多い民族が、支配してその他の民族を追放・虐待・虐殺が頻発した。プリエードルでは、セルビア勢力が幹線を挟んだムスリム勢力を追放・虐待・虐殺した。逆にムスリム人が支配するゴラジュスやスレブレニッッツアなどではモスリム人によってセルビア人が追放・虐待・虐殺された。ムスリム人の傭兵や私兵部隊も民族浄化を遂行した。ムスリム人から逃避できなかったセルビア人は、民族浄化による追放・虐待・虐殺を受けた。
民族浄化するために、セルビア人の人家には☓印、クロアジア人には十字架を、イスラム教徒には緑の印章が付けた。ボスニア内戦の緒戦では、その印章を目印に民族浄化による追放・虐待・虐殺が横行した。ボスニアの北東部の町でも、セルビア勢力にイスラム教徒が共存していた。セルビア勢力が反乱分子と決め付けて、イララム教徒も反抗して。敵対攻撃をした。オジャッツの町では、クロアチア勢力が突然にセルビアの人家を襲撃して焼き尽くした。
