ユーゴスラビアの連邦国は、少数派を血まみれに追放しながら、共産主義のユーゴスラビアが崩壊した後に、独立を宣言した。コソボ紛争でアルバニア人たちが、1999年1月15日にセルビア人によってラチャック村で無差別に虐殺された。血まみれのアルバニア人の約46の死体が散乱した。
1945年以降にコソボのアルバニア人の少数民族は、90パーセントの多数派に達した。 1981年にこの地域から騒乱が始まった。スロボダン・ミロシェビッチは、後に大統領になるために、セルビア人の少数派の代表者になり、後に大統領となった。1986年に、ユーゴスラビア共産党をセルビア社会党に改名した。1989年にコソボの自治を廃止して、アルバニア人幹部をセルビア人に置き換えた。
1980年代末に、民族主義者らは共和国の権力を引き継いだ。クロアチアとスロベニアは、1991年6月26日に独立を宣言した。ユーゴスラビア軍は両国に進軍したが、すぐにスロベニアから撤退した。クロアチアの3分の1は占領を継続した。居住するセルビア人の少数民族はクライナ共和国の独立宣言した。
1990年11月のボスニアの総選挙で、アリヤ・イゼトベゴヴィッチに率いるイスラム教徒民主化党が過半数を獲得した。1991年に独立を宣言した。ボスニアのセルビア人の少数派の反応は、ラドヴァン・カラジッチの下でセルビア共和国が独立宣言した。セルビア人は、ユーゴスラビア軍の支援でボスニアの3分の2を占めた。追放と大量虐殺による残忍な「民族浄化」が行われた。北太平洋条約機構(NATO)が1995年に介入して、暴動を収めた。約220万人が難民となり、約20万人が残酷に殺害された。国連の監視下でボスニア・クロアチア連邦とセルビア共和国に分割されて独立国家を構成した。
1995年にクロアチア軍は、クライナ共和国を再占領した。セルビア人住民はコソボに逃避と追放された。1992年に、アルバニア人はイブラヒム・ルゴバの下でコソボ共和国を独立宣言した。コソボ解放軍とセルビア人治安部隊と激しい戦闘から避難して、セルビア人勢力が攻勢に至った。NATOはセルビアに対する空爆とコソボの占領に介入した。数千人ものイスラム教徒のボスニア人は、1995年にボスニアのセルビア人地域から逃げ、多数のセルビア人は攻撃をした。NATOはセルビアに対する空爆とコソボの占領に介入した。
マケドニアも1991年に独立を宣言した。マケドニアの少数派アルバニア人はイリリア共和国を宣言し、2000年に解放軍を創設した。コソボから約25万人の難民が発生した。 NATOと国連軍は別の戦争の暴発を抑制した。